Gdy całość sprzedaży opodatkowana jest stawką podstawową 22% — podatnikowi przysługiye zwrot różnicy z urzędu skarbowego (zwrot bezpośredni) tylko w kwocie50 VAT nie wyższej od kwoty podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług, zaliczonych do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji. W pozostałej części — zgodnie z ogólną regułą — podatek naliczony obniża podatek należny za następne okresy (zwrot pośredni).
Warsztat samochodowy Łopaciak i Syn zakupił we wrześniu podnośnik hydrauliczny za 50 min zł + 11 min zł PTU oraz części zamienne i oleje za łączną kwotę 20 min zł + 4,4 min zł PTU. W tym samym okresie warsztat wykonał naprawy za kwotę 15 min zł + 3,3 min zł PTU. Zatem 11 min + 4,4 min = 15, 4 min zł to podatek naliczony. 3,3 min zł to podatek należny. 3,3 min - 15,4 min = -12,1 min zł (podatek naliczony, który pozostał do rozliczenia). Podnośnik hydrauliczny został przez właścicieli warsztatu zaliczony do środków trwałych. Kwota U min zł PTU, naliczona przy zakupie podnośnika, zostanie firmie Łopaciak i Syn zwrócona przez urząd skarbowy. 12,1 min- 11 min = 1,1 min zł (podatek naliczony, który pozostał do rozliczenia w następnych okresach).

Widoczna jest następująca prawidłowość: podatek należny od każdej fazy obrotu równy jest sumie kwot podatku wpłaconych do budżetu w tej fazie i wszystkich poprzednich. Powyższy model wykazuje, że każdy podatnik jest realnie obciążony tylko w zakresie wytworzonej przez siebie wartości dodanej (VAT obrotu netto).
Kwota podatku naliczonego może w okresie rozliczeniowym okazać się wyższa od kwoty podatku należnego. Podatnik po odjęciu od podatku należnego podatku naliczonego nie uzyska pełnego zwrotu (pośredniego) — rozliczenie nie jest zakończone. Skarb Państwa pozostaje jego dłużnikiem co do różnicy. W tej sytuacji ustawa przewiduje trzy rozwiązania.
O Każdy podatnik ma prawo podatek należny za następne okresy obniżać o wyżej wspomnianą różnicę (dalsze zwroty pośrednie).

Obniżenie podatku należnego o podatek naliczony przy nabyciu towarów i usług nazywane bywa zwrotem pośrednim. Natomiast ze zwrotem bezpośrednim mamy do czynienia, gdy budżet wypłaca podatnikowi kwotę podatku naliczonego przy zakupach. Wybór między zwrotem pośrednim i bezpośrednim w stosowanych na świecie systemach VAT opiera się na dwóch kryteriach: podziału na wydatki inwestycyjne (środki trwałe) i eksploatacyjne (materiały, surowce) oraz podziału na działalność opodatkowaną i zwolnioną od podatku.

Zwykle zwroty bezpośrednie związane są z wydatkami na inwestycje, zaś zwroty pośrednie z zakupami eksploatacyjnymi. Jednak w przypadku działalności zwolnionej od podatku zwroty (w szczególności bezpośrednie) mogą być ograniczone lub wyłączone w ogóle.

Konstruując potrącalność PTU, ustawodawca przyjął tzw. fakturową metodę ustalania wartości dodanej. Przejawia się ona w mechanizmie obniżenia (zwrotu) podatku, opartym na rozróżnieniu podatku naliczonego oraz podatku należnego.
W działalności podatnika X podatek od towarów i usług pojawia się dwojako. W pierwszej postaci — w chwili, gdy dokonuje on zakupów. Jest to tzw. podatek naliczony podatnikowi przy nabyciu towarów i usług, wykazany w rachunkach (fakturach) wystawionych podatnikowi przez sprzedawców (dostawców, wykonawców).

Ten podatek formalnie obciąża sprzedawców, lecz jest przerzucany na VAT będącego nabywcą. Kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku określonych w rachunkach (fakturach) stwierdzających nabycie towarów lub usług, z uwzględnieniem rabatów 40, zaś w przypadku importu — suma kwot podatku wynikająca z dokumentów odprawy celnej.

Taka konstrukcja spowodowana jest specyfiką działalności handlowej, gastronomicznej i w innych branżach usług. Np.
ekspedientka bezpośrednio obsługująca klientów w sklepie posługuje się zazwyczaj cenami już zawierającymi PTU, zatem wystawiając na żądanie klienta rachunek za zakupione towary, powinna (jeżeli stosuje, rzecz jasna, owe ceny z wliczonym podatkiem) przyjąć stawkę niższą, gdyż odnosi się ona do podwyższonej podstawy VAT.

Dlaczego właśnie 18,03% lub 6,54% Sp. z o.o. zajmuje się produkcją akcesoriów motoryzacyjnych i jednocześnie prowadzi stację obsługi samochodów. Spółka sprzedała sklepowi motoryzacyjnemu partię swoich wyrobów za kwotę 10 min zł + 2,2 min zł PTU.